Самый молодой факультет академии — фармацевтический. Он открыт 1 сентября 2000 года с планом приема 30 человек. Факультет осуществляет подготовку специалистов с высшим образованием по специальности «фармация», квалификация специалиста — «провизор». Объектом профессиональной деятельности провизора являются лекарственные средства, применяемые для лечения заболеваний, диагностики, профилактики, реабилитации и гигиены.